不是很清楚你到底误操作在什么环节了,不过,核销单核销和交单是在两个部门的两个系统里操作的,互相不冲突,也不分先后的。核销是在出口收汇核销系统里做,交单是在电子口岸里交单的。我一般的操作顺序是收到货代退回来的核销单和报关单后,先在电子口岸里做核销单和报关单的交单和数据报送,然后到核销系统里做核销,一般第二天有了已核销的提示后,再去税务局报退税。
你说的是交单给国税局吧?不影响的,甚至我们都是拿到单子就交单,然后再核销。交单本身只是传递关单信息给国税,核销与不核销都不会对其有任何阻扰。