因为交互了互感器，输出同步过一段时间，为题还是出在信号取样上面，那电压能不能同步那，如果电压同步说明整流柜应该没什么大问题，建议你在电压互感器输出端挂上示波器，观察下波形，未了降低风险你可以再表笔上挂上200k欧以上的电阻
还用一种情况你的两个输出较大的乙由于可控硅等原因产生了较大的谐波，简单的方法就是看功率因数相差的是否大，或着用仪器分析
没看到具体电路，不知是2台整流柜共同一个负载，还是各自单独负载？如果是各自单独负载，根据你的描述，可能是负载的问题。
只是给个检查思路。
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