“二次革命”失败后,孙中山和黄兴的分歧,除孙主张“急进”、黄主张“缓进”外,还有一条是:孙中山谋求全党统一,服从自己的指挥,黄兴则反对孙中山“以人为治”。于是,孙中山组织中华革命党,黄兴拒绝参加。
1913年3月宋教仁被暗杀事件发生后,两人在反对袁世凯问题上出现意见分歧。二次革命失败后流亡日本,两人围绕革命运动的方针又产生了严重的对立。这种对立可以看做是自清末以来两人革命思想分歧的表征。 孙文流亡东京后不久,就组织了新的革命党,即中华革命党。赋予党魁以绝对的权力,课予党员以严格的党规。与此同时,反对他的黄兴派,组成了欧事研究会,并开展自己的革命活动。
宋教仁被刺后,孙中山即从日本返回中国,于上海开会,主张以武力讨伐袁世凯。但国民党内意见不一,部分领导人(如黄兴)倾向使用和平手法,在不破坏临时约法之下以法律方法抗争。这是孙中山和黄兴的主要分歧之处
孙中山主张谁推翻了封建帝制,就有谁来担任国民大总统,袁世凯打败封建帝制的可能性最大。但黄兴认为,袁世凯会窃取革命果实,是不值得相信的人。