一、分类单元
植物病原原核生物并不独立于原核生物之外,其命名原则、分类方法、分类单元和分类系统与原核生物相同。界、门、纲、目、科、属、种。
细菌属的特征:形态特征和培养性状、生理生化性状、遗传性状。
种(species)的概念:种是许多具有共同特征的菌系组成的群体,通常这些菌系与其它菌系有很大的区别。基因种——细菌分类学家,分类种——植物病理学家。
亚种(subspecies):指在种下类群中在培养特性、生理生化和遗传学等性状有一定的差异的群体。
菌系(strain):是由分离获得的纯培养物单个菌落繁衍的后代组成。
模式菌系(type strain):是种的命名菌系,由它以及和它相似的其它菌系组成种。由于细菌的种的概念包含人为的主观判断,因此,细菌种的表型和遗传特性上存在明显的多样性。目前认为根据遗传的相关性来定种更为客观。
致病变种(pathovar,pv.):在细菌种下以寄主范围和致病性为差异来划分的组群。
生化变种(biovar):是种内的菌株,按生理生化性状的差异来划分的组群,不考虑致病性等其他性状的异同。
二、 命名
植物病原细菌学名采用双名法,以拉丁文表示。
细菌的学名由国际细菌命名法规所规定,法规的最新版本发表了《核准的细菌名录》(Approved lists of Bacterial Names),名录包括经过国际系统细菌学委员会核准生效的所有细菌的科学名称,从1980年1月1日起始用。
植物病原细菌的某些种之间除了致病性外,难于用生理生化特性加以区别,则为同物异名,因此未能列入《核准的细菌名录》。
为了保留这些细菌的分类地位,植物病理学家采用致病变种作为这些同物异名的分类单元,1980年编制了《植物病原细菌致病变种名录》。
三、分类系统
《伯杰细菌鉴定手册》(Berge’s Manual of Determinative Bacteriololy)中的细菌分类体系被微生物学家普遍采用。1923年,第一版问世,到1994年已出版9版。
根据《伯杰细菌鉴定手册》(1994)和近年来《国际系统细菌学杂志》(International Journal of Systematic Bateriology, IJSB)报道的新属新种资料,原核生物界通常分为4个门,7个纲,35个组群。
▲薄壁菌门(Phylum Gracilicutes):有壁较薄,厚度为8~10nm,肽聚糖含量约5~10%,G-。包括大多数植物病原细菌。
▲厚壁菌门(Phylum Firmicutes):有壁较厚,厚度为50~80nm,富含磷壁酸和肽聚糖,G+。包括棒形杆菌属、芽孢菌属和链霉菌属。
▲软壁菌门(Phylum Tenericutes):菌体无壁,外层为三层单位膜所包被,厚度约5nm。包括类菌原体。
▲疵壁菌门(Phylum Mendosicutes):这是一类没有进化的原细菌或古细菌,细胞壁中无胞壁酸和肽聚糖。包括产甲烷细菌和高盐细菌。