16世纪30年代后期，《天体运行论》一书已接近完成，哥白尼却迟迟不愿出版这本书。他确信自己的学说是正确的，但他担心由于传统偏见的作用，读者难以接受。他更担心教会对科学和进步思想的疯狂迫害。当时教皇为了巩固封建统治，宗教裁判所烧掉了许多珍贵的科学著作，有时一天竟烧掉20大车书。
1327年，意大利天文学家采科•达斯科里被活活烧死，他的“罪名”就是违背圣经的教义，论证地球是球状，在另一个半球上也有人类存在。哥白尼曾亲眼目睹了宗教裁判官对异教的镇压。哥白尼也经常受到威胁和迫害，他身边还有上司所布置的密探和奸细。
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