跪求PCr引物的问题 为什么底下的那个叫上游引物

 这样理解，把编码链本身的5’→3’的方向规定为正方向，也就是模板链的3'>5'是正方向了，而模板链的5’→3’的方向 也就是为负方向了。

上游链就是结合在模板链3’端，也就是在正方向的上游，其延伸方向和正方向相同；而下游链结合在编码链5’端，也就是正方向的下游，其延伸方向和正方向相反了。

上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。

扩展资料：

1、 引物的长度一般为15～30bp，常用的是18～27bp，但不应大于35bp ，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应；

2、引物序列在模板内应当没有较高相似性片段，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错配。引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加；

3、 引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错位置导致不同的扩增效率，末尾碱基为A的错配效率明显高于其他三个碱基，因此应当避免在引物的3'端使用碱基A；

参考资料来源：百度百科-PCR引物合计

DNA复制总是从5’端到3’端，因为DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。所以谁先复制谁就是上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。底下原始链是3'-5'，所以引物加上去相当于是前导链，是连续复制的；而上面的原始链是5'-3'，所以引物加上去相当于是后随链，是半不连续复制。

上游引物是目的序列本身，下游序列是目的序列的反向互补。DNA聚合酶只能往3'端加核苷酸，引物序列的一般写法都是5'-3'，DNA两条链是反向互补的，所以上游引物是序列本身，只能扩增你所说的下面那条链；而下游引物是目的序列的反向互补，从另一端扩增DNA片段，就是你所说的上面那条链，就是下游序列。不知道这样可不可以看懂。

5'端如果算序列的头，3'端算序列的尾。
DNA 聚合酶只能从5'端向3'端添加脱氧核糖核苷酸。那么在DNA正链上结合的引物（图中DNA单链的上面一条链），必然在DNA双链分子的下游（是双链的下游），所以称为下游引物；在DNA负链上结合的引物，必然在DNA双链分子的上游，所以称为上游引物（我个人是这么理解的）
所以在引物设计的时候，下游引物同基因序列是反向互补的，而上游引物和基因的序列是一致的。
正向引物(Forward primer,也称上游引物)是沿着负链进行不间断延长的。
反向引物(Reverse primer,也称下游引物):是沿着正链进行不间断延长的。
一般获得的基因序列都是DNA的正链。

这样理解，把编码链本身的5’→3’的方向 规定为正方向，也就是模板链的3'>5'是正方向了，而模板链的5’→3’的方向 也就是为负方向了。上游链就是结合在模板链3’端，也就是在正方向的上游，其延伸方向和正方向相同；而下游链结合在编码链5’端，也就是正方向的下游，其延伸方向和正方向相反了。