业主单位打工程款给挂靠公司，挂靠公司扣留工程款不给施工单位。纠纷。

业主方将 款打在被挂的公司账户是对的，因为你用的是 人家的资质，在法律上业主方只认被挂的公司，他们在法律上存在着责任，还有就是 你不用担心 他们不给你款，如果不给你钱 你可以告他违规，因为挂靠本来来是法律不允许的，一旦被查处，他们公司以后会被禁止投标的。他们会很害怕的

　　挂靠协议因为违法而无效，作为实际施工人，可以起诉要求被挂靠单位索要工程款项。

　　《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
　　第一条　建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定，认定无效：
　　（一）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；
　　（二）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；
　　（三）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。
　　第二条　建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
　　第二十六条　实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应当依法受理。
　　实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。

如果双方合作得不是太好，可以起诉挂靠单位的。但是一定要讲究策略。