出口退税汇总表里有一栏“当期免抵税额”有金额（即当期免抵退税额>期末留底税额），这部分税额是什么意思

理论上讲，这部分税额是指
“出口货物免征的应纳税额”以及“出口货物所含本应予退还的税额，先抵减内销货物应纳税额的那部分”（抵减完后如果出口货物的进项税额还有剩的，再退税），这两部分税额之和，就是免抵额。
这部分税额，你不用交税，还当作你已经交的。当然你不用退税，也当成你退了。为什么呢？
历史上有过一种操作办法叫先征后退。对于这部分税额，企业是有交的，当然，后面还可申请退还。
企业实现了出口销售，不但没税收收入，还把内销的应纳税额抵减掉了。这使地方政府反对免抵退而支持先征后退。征的增值税是共享税，地方有分成，而退的主要是中央库。
所以国家规定，全面实行免抵退，免抵额企业不用交，还当成交了，没有退，也当成退了。地方分成的增值税由中央直接划拨给地方财政。
实际操作中，因为生产企业内外销不分开核算，出口货物的进项税额和应纳税额及内销货物的应纳税额都不能单独计算出来，所以才按间接法计算，先算出退，再来算免抵额。也就是文件上的公式。理论上本来是先免抵后有退税额的。
建议你看一下福建国税《海西税务》2011年第三期，里面有更详细的内容。

这部分代表增值税应退而因为无足够的留抵税额而无法退的部分，他的主要意义有2种。
1.可以作为增值税已经缴纳的税额计算税负率，因为他是你公司默认缴纳的增值税，虽然没有实际缴纳，但是因为没有退，也是同交税了。
2.可以作为计算城建税，教育附加等税费的计税依据，因为他是默认缴纳的流转税。

当期免抵退税额>期末留底税额，则当期免抵税额=当期免抵退税额-当期应退税额 这部分没啥意思，不用交税，就是为了账目的平衡

这部分金额就是挂着的（不用交，以后也不可抵扣），但是广东这边这个金额是公司缴纳城建税及教育附加的依据。即该金额*7%是城建税，*3%是城镇教育附加费，*2%是地方教育附加费的金额。