自然人股东死亡，该由谁继承他股东的资格？他合法继承人由谁确定。

　　自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格。而合法继承人按照《中华人民共和国继承法》的规定。
　　公司法第七十六条规定：自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格；但是，公司章程另有规定的除外。
　　根据此一规定：
　　1、自然人股东的合法继承人可以继承其股东资格。
　　自然人股东死亡后，原则上其合法继承人依法继承其出资额，并同时继承其股东资格，成为公司的股东，依法享有资产收益、参与重大决策、选择管理者等各项权利。
　　2、自然人股东的合法继承人不能继承其股东资格，但应有公司章程的除外规定。
　　依据《中华人民共和国继承法》规定，法定继承是主要的继承方式。法定继承有以下特征：
　　第一，法定继承是遗嘱继承的补充。法定继承虽是常见的主要的继承方式，但继承开始后，应先适用遗嘱继承，只有在不适用遗嘱继承时才适用法定继承。因而，从效力上说，遗嘱继承的效力优先于法定继承，法定继承是对遗嘱继承的补充。
　　第二，法定继承是对遗嘱继承的限制。各国法律虽都承认遗嘱继承的优先效力，但也无不对遗嘱继承予以一定的限制。例如，许多国家的法律都规定了法定继承人的特留份。《中华人民共和国继承法》中规定，遗嘱应当对缺乏劳动能力又没有生活来源的继承人保留必要的遗产份额。因此，尽管遗嘱继承限制了法定继承的适用范围，但同时法定继承也是对遗嘱继承的一定限制。
　　第三，法定继承中的继承人是法律基于继承人于被继承人间的亲属关系规定的，而不是由被继承人指定的。从这点上说，法定继承具有以身份关系为基础的特点。
　　第四，法定继承中法律关于继承人、继承的顺序以及遗产的分配原则的规定是强行性的，任何人不得改变。
　　第五，法定继承具有法定性，法定继承与遗嘱继承、遗嘱并存。
　　《中华人民共和国继承法》对法定继承的规定如下：
　　第九条，继承权男女平等。
　　第十条，遗产按照下列顺序继承：
　　第一顺序：配偶、子女、父母。
　　第二顺序：兄弟姐妹、祖父母、外祖父母。
　　本法所说的子女，包括婚生子女、非婚生子女、养子女和有扶养关系的继子女。
　　本法所说的父母，包括生父母、养父母和有扶养关系的继父母。
　　本法所说的兄弟姐妹，包括同父母的兄弟姐妹、同父异母或者同母异父的兄弟姐妹、养兄弟姐妹、有扶养关系的继兄弟姐妹。

公司自然人股东死亡后，其合法继承人能否继承股东资格呢，会有什么弊端呢？

股东资格可不可以继承，要看公司章程是怎么规定的，但不管如何，其法定继承人可以依法继承其在公司的财产权利。这里一般表现为股权，如果公司章程不同意或者其他股东不同意其成为公司股东，则应该依法转让其股权。

首先你的描述内容不清！股东这个词在法人公司内里使用，我们现在就自认为有限公司，因为有限公司是人合为主，资合为辅，自然人股东死亡后，继承人要成为股东，首先要其它股东过半数的同意。

有无遗嘱，有遗嘱就由遗嘱确定。无遗嘱，法定继承，第一顺序：配偶、子女、父母。第二顺序：兄弟姐妹、祖父母、外祖父母。先第一顺序继承，第二顺序继承人不继承。无第一顺序继承人继承的，由第二顺序继承人继承。