协议一旦达成并符合生效条件就会生效，和是否丢失或持有书面协议无关。如果丢失，造成的直接后果是：丢失的一方，在需要主张自己权利时，缺乏有效的法律证据。但如果对方认可或默示许可，并不影响协议的效力和执行。例如，去菜市场买菜，就是典型的协议或称合同，但一般不会在双方之间形成书面合同，基本都是即时履行合同，都是合法有效的。只要你们签订的协议不违反法律法规、公序良俗，也不侵犯第三人的合法的权益，即便双方都丢失了，也一样有效。根据需要和诚实信用原则，你们也可以在双方同意的情况下，根据现存的另外一件协议副本，再制作一份，给丢失一方持有。
当然算了，你的那份协议不还在吗。而且证明一个事实也可以通过其他的证据予以证明，比如交付行为、其他的证人证言等等
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