新华书店的管理部门是国家出版总署。
各地级市的新华书店一般由本行政区的出版局管理，市宣省、直辖市的新华书店一般也会有一定的指导权利。
新华书店正在逐步改组，由事业单位改变为国有企业由国有企业改变为集体企业，或者说以后会改为有限责任公司或者股份有限公司，在这个改革的时代一切都有可能。
现在出版社的终端销售由新华书店专营改为新华书店、企业、个人多种经营形式。
现在的出版社在被迫关门的同时也在不断的整合与重组。
新华书店和其它国有行业一样，老员工退养、新员工下岗都在不断出现。
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