工程审计有广义和狭义之分，广义的叫工程全过程审计，从立项到招投标、工程施工及变更签证及索赔，设备材料采购，工程价款的支付程序及工程竣工财务决算财务报表审计以及项目投产后的效益审计。
狭义的指工程竣工财务决算财务报表审计，是审计你工程造价部分。也就是固定资产及无形资产部分，不包括流动资产。
根据你说的，感觉你要问的是审核工程价款的问题。本人认为审计的对象是实际完成的应予以计量的工程项目价款，与合同价款是两回事，至于增加工程费用只是合同变更的一项，比如说，你增加了一个工程，有可能他是替代了原约定的工程，那么合同中款项就要减少对应的款项。
此外，建议你看一下中天恒事务所写的关于该方面的书籍。当然，要是想弄懂，建议学点预算知识及工程造价知识。
都要审的。合同总价少不了，变更签证更需要
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