1 日本签证是不通过旅行社办理的，有专门办理签证的地方，要本人去。去美国可以从日本转机，自然你可以先到日本滞留几天再飞。
2 你有美国的签证不用再申请日本的签证，持美国的签证，有些国家在不须要签证的情况下可以滞留一段时间，每个国家可滞留时间不同，大概在2个星期。
3 日本好像对中国大陆没有开放自由行签证
你持有美国绿卡在日本入境72小时是可允许的，但如果要滞留时间长的话，就要办理日本个人旅游签证了，办理这类签证很单简，你只要提供你的资产证明，护照，照片，还有相关的工作证明就可以了，找国旅或和平都能办，费用大概是要一千多吧！但大多旅行社是需要绑定酒店住宿的，这个是比较不人性的！具体的你可以咨询一下，不过就我办理签证的经验来说，你持有美国绿卡，办理日本签证是没有被拒签的可能，因为日本人就认美国签证！只要有美国签证，我还没见过有受到日本拒签的情况！
可以 但是要把材料准备好 像其他的问题太专业了 你得找专业人士解决 呵呵 祝你好运
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