公司支付两个月工资的经济补偿共10000元。原劳动部《关于贯彻执行〈劳动法〉若干问题的意见》(劳部发[1995]309号)第53条规定,劳动法中的“工资”是指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定,以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬,一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。因此,经济补偿金的计算基数也应当包括加班工资
按离职前12个月的平均工资计算,加班工资、福利补贴等不能计算在内