法律规定任何单位和个人都不准出卖、出租土地，所以，你租赁土地自建厂房的行为是不受法律保护的。
工程公司为你出具的发票对你要求办房产证没有任何帮助，相反更证明了房产与土地使用权不是同一主人，这不符合法律规定。
如果你所租赁的土地，原主人有合法手续，新建的厂房是经建设规划管理部门批准而且办理规划手续时用的是土地使用权人的名字，则可以办一个土地使用权人名下的房产证，但这样会在以后万一出现纠纷时留下很大的隐患，所以不建议这样做。
如果手续不全或者两种手续不是同一个申请人则不能办。
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