A、衣藻不属于蓝藻，A错误；B、蓝藻在分类学上时一个“门”，B正确；C、蓝藻细胞没有叶绿体，但含有藻蓝素和叶绿素，也能进行光合作用，属于自养生物，C正确；D、蓝藻是原核生物，其细胞中没有染色体，D正确．故选：A．
