熊猫阿宝终于美梦成真成为了神龙大侠,跟随功夫大师与盖世五侠一起保护着和平谷、过着宁静的生活。然而,好景不长,有个邪恶的坏人沈王爷正打算用无人能挡的机密武器征服中国并且毁灭功夫,阿宝面临着一次新的、更加可怕的挑战,在羊仙姑的指引下,他必须回首过去并揭开自身的生世之谜,才能找到打败敌人的致胜关键力量。
凤凰城的继承人沈王爷野心勃勃,想称霸中原。造出了火炮,扬言要毁灭天下功夫,他将凤凰城的首领雷犀牛一炮轰死后,终于占领了凤凰城。若干年后,阿宝也不负众望,成为了神龙武士,在一次战斗中他隐约想起了自己的一点身世,带着对身世的迷惑,和“盖世五侠”潜入凤凰城,最后阿宝不仅了解到了自己的身世还在对亲人的痛苦中悟到了内部的和平的真谛,似乎还收获了来自于悍娇虎的爱情,终于打败了孔雀沈王爷。
孔雀杀了阿宝的父母,阿宝去找孔雀报仇。
主要讲的熊猫阿宝(也就是神龙大侠)和五侠老虎、鹤、螳螂、
蛇、猴子保卫山谷的生活。但是好景不长,凤凰城以前的沈王爷制造了一件可以毁灭功夫的复仇武器。他要让功夫死掉,霸占整个中原。一天,阿宝在和师傅说话。师傅告诉他,要静下心来,才能发挥出最大的力量。正在这时,沈王爷派出的土匪(一群狼)攻进了这个山谷,来抢夺制作毁灭武器的金属。正当阿宝和五侠打得过瘾时,阿宝看到最后一只狼,突然产生了幻觉,他看到了自己是一个小宝宝,还有他的爸爸妈妈。阿宝一时昏迷,被狼人一锤击晕,狼人带着金属逃走了。
回到面馆,阿宝的爸爸正在招揽客人。阿宝把爸爸叫到屋里,问起了他小时候的故事。阿宝的爸爸这才说出了真相:有一天,阿宝的爸爸(也就是那只鹅)正在搬运蔬菜做面的时候,发现一只小熊猫被装在菜筐里,就把它放了出来,给他喂东西、哄他玩。从此,这只鹅就成了一只熊猫的爸爸,这只小熊猫就是阿宝。
同时,沈王爷也入侵了凤凰城,犀牛和鳄鱼大侠都不是沈王爷的对手,被关在了牢中。山羊被带到了凤凰城主塔内。为沈王爷算命。山羊说会有一个神龙大侠来消灭他。沈王爷难以置信
阿宝和五侠要去拯救中原了,他们乘着一艘船,来到了凤凰城。
一进入凤凰城,阿宝就要冲进去击败沈王爷。快螳螂和悍娇虎拉住了阿宝。原来城里全是沈王爷的狼队,他们正在欺压百姓。于是,他们从房顶上越过,找了一个舞龙的假套盖住了自己,往前走。有一个狼人正在虐待百姓,五侠灵机一动,用龙头将狼人吞下,然后在里面把狼人痛揍一顿。五侠和阿宝又假装把那个百姓叼进嘴里,它说要去找犀牛和鳄鱼。话没说完,狼人的大批队伍就追了上来,他们一路“吞下了”一群狼人,在假套里把狼人们痛揍一顿。
在一路艰辛的过后,他们终于来到了牢房。正当阿宝扯开门放犀牛和鳄鱼出来时,他们却死活不出来,因为如果他们反抗,沈王爷就会把百姓杀光。正当他们争执时,几个狼人冲了进来,结果前两个都被五侠打趴了,最后一个想跑,五侠和阿宝追了起来。
五侠们左冲右撞,而阿宝却慢吞吞的。于是阿宝弄了一个小推车,拼命往前追。狼人往后面扔了很多东西,阿宝都顺利的避开。最后一次狼人扔了一大群小兔子宝宝,小兔子宝宝好奇,就趴在阿宝的脸上不放。阿宝甩开也不是,不甩开也不是,最后把兔宝宝甩到了仙鹤那里。
正当阿宝追上了狼人,想质问他时,却发现自己已经在凤凰城下了。五侠和阿宝被狼人们抓了起来。
此时,沈王爷已经准备好了见这只熊猫。因为五侠和阿宝戴了穴位手铐,无法用功夫逃脱。阿宝看见一个很小的武器,就以为是毁灭武器,一脚踢碎了他。谁知这只是个模型,真正的毁灭武器在沈王爷的背后。五侠终于成功挣脱,毁灭了武器。但正当阿宝要抓住沈王爷时,沈王爷突然孔雀开屏,孔雀屏上又露出了那红色的印记,阿宝又产生了幻象。沈王爷趁机逃走了。
正当他们庆幸毁灭了武器时,塔对面的一座塔上,架上了十几台毁灭武器。五侠和阿宝这才意识到,毁灭武器不只有一个。于是,他们东躲西躲,终于躲过了毁灭武器。他们又来到了大牢,但这次是来避险了。五侠决定再次进攻,但怎么也不让阿宝去。无奈之下,阿宝说出了原因。但五侠扭头就走了。
正当五侠与狼人激战时,他们发现阿宝正抓在一个铁框上。阿宝使出全身力气,终于爬了上来。但他又落入了一个陷阱:一个履带式的陷阱,只要陷下去,就会被岩浆烧为灰烬。阿宝奋力奔跑,但还是没有跑过。此时,悍娇虎也在赶往阿宝的方向,营救阿宝。
很快,阿宝抓着履带又翻了回来。沈王爷终于使出了终极武器,将阿宝打飞出了凤凰城。五侠也被抓住了。
但庆幸的是,老山羊救了他,帮他回忆起了真相:有一天,沈王爷入侵了他们的村子,阿宝的爸爸英勇杀敌,最终被废墟掩埋了。阿宝的妈妈带着孩子逃进了林子,但狼人也追了上来。无奈之下,阿宝的妈妈把阿宝装进了即将运走的菜筐中,希望有人能收养它,把它抚养成人。沈王爷把阿宝一家三口拆散了……………………
阿宝重新回到了凤凰城,挑战沈王爷的终极武器。沈王爷怎么也瞄不准,阿宝混进了狼堆,与狼打斗。沈王爷开也开不得,不开也不行。开的话,自己的战士将全部陪葬,不开炮,五侠将被解救。正当沈王爷脑乱时,五侠已经被解救,也混入了狼堆。这时,犀牛和鳄鱼也来到了这里。紧接着,就是五侠的师傅,也来到凤凰城,帮助他们消灭沈王爷的武器。无奈之下,沈王爷下令开炮,狼人和五侠、犀牛、鳄鱼、阿宝、师傅,全部被打入水中。
正当沈王爷要开炮消灭神龙大侠时,神龙大侠想起了师傅的话,心静。。心静。。他将炮弹化为水滴,抓起炮弹,投入水中。这时,阿宝一心急,才看到手上已经被烫伤了。紧接着,又是无数的炮弹。阿宝都将炮弹抓住,扭转到水里。沈王爷发疯了,连开炮弹,击退阿宝。阿宝一个个把炮弹接住,在手中像揉面团一样,揉成了一个太极圈,阿宝把太极圈推到了沈王爷的船上,沈王爷被炸飞了。
当沈王爷醒来时,阿宝就站在面前。沈王爷企图暗算他,结果被阿宝打败。
阿宝终于回到了面馆,他爸爸也很欣慰。阿宝发誓,以后永远是他的儿子。
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