效果基本差不多。但如果同时你吃抗生素的话，建议用枯草杆菌，因为双歧杆菌不能和抗生素全用。另枯草杆菌可常温保存，双歧杆菌需放冰箱低温保存。
从效果上说，双歧杆菌效果更好，价格上双歧杆菌更贵点。两种药效基本一样，是国药S生物制剂，主要目的调整肠道菌群失衡引起的便秘、腹泻。经常拉肚子，肠道菌群肯定失调，这两种都是补充剂。酸奶也具有同样的功效，不过含量太少了，一般药物要求所含的菌群数是1×10的7次方个以上。
