你说的流程是正确的，对方需要根据你方提供的《通知单》给你方开负数发票。对方的处理好像不好理解，不符合国税发【2006】156号的规定。
你方已经于3月份拿到税局的红字通知书了，应该于次月报税时作进项税转出。
对方应该将红字发票给你方。但你方不是拿到红字发票才做进项税转出。
要求你们退款，对方应当将开好的红字发票寄给你们，对方说的“发票已经冲掉，账务没事了”是什么意思！如果对方不将红字发票给你们，你们可以拒绝退款。
如果你方把原发票认证了的话，并且这次开的红字发票金额只是多开的那部分金额的话，对方好像是应该给你们一联红字票，让你们做进项税转出账务处理的凭证
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