二者没有并轨的问题,农村户籍和城镇户籍交的都是城保,二者的区别是前者只交三险,后者要交五险;前者缴费水平低(单位只负担28.5%),后者缴费水平高(单位要负担37%);公司的违法行为对你影响很大:首先是养老保险,你的缴费基数被降低了,以后养老金就少了,其次没有失业和生育保险了,第三,过渡期内医保的待遇也被降低了。