会，水质会变差，有时候亚硝酸盐的浓度会提高（有的消毒剂会杀死硝化细菌），而且加了消毒水的水体亚硝酸的毒性会更明显。如果想避免这种问题，可以采用二氧化氯来消毒，现在世界公认的鱼缸消毒剂里这种物质杀菌效果最好，对硝化系统（即过滤系统的生化部分）的伤害最小，而且价格也不贵。
