代理运输物流企业支付给火车站的装卸费和码头的代理费可以直接做代理业务支出，与代理业务收入轧差缴纳营业税等。也可以通过过渡科目进行核算，然后差额结转收入，差额缴纳营业税等。根据贵单位的具体财务核算情况进行正确反映。
