应该不会干扰吧，我刚刚看了一下，Joytokey里面可以设置控制器的数量，最多16支，那么是可以多个手柄一起用了。
至于原理就不清楚了，不过能做到很正常啊。游戏软件能识别出多个手柄并互相独立工作（如实况、NBA），另一个软件也能做到这一点应该是情理之中吧，我反而觉得做不到才奇怪呢。
大概是在数据传输时加了识别包什么的，你看同时插两个U盘同时分别传文件不会传错，手柄应该是一个道理吧，无论怎么说U盘和手柄都是在传输数据，只是内容不同罢了。
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