首先得从细胞的结构说起：真核细胞具有各种胞内细胞器，而原核细胞却除核糖体之外不存在其他细胞器。这与基因的表达是密不可分的。
真核细胞的基因是有外显子和内含子组成的，而原核细胞却无此之分。在细胞内DNA进行转录是都是从启动子开始，按照碱基互补配对原则依次进行。只是翻译产物会有所不同，真核细胞的翻译初产物，需要进行进一步的加工修剪，这就用到了内质网和高尔基体，通过细胞器的加工可以将内含子的翻译产物去掉。而原核细胞就简单的多了，只要按部就班的来就行，不需要修饰。
鉴于两者的不同，在做基因工程的时候原核细胞的DNA一般可以通用，而真核细胞DNA则必须进行修饰。
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