建筑工程竣工资料组卷问题。

肯定不可以，工程验收是分单位工程的。每要栋楼算一个单位工程。不过最后组织竣工验收可以一起。但每栋楼的资料必须是独立的。当然一个工程有些资料是可以共用的。组卷时其它两栋楼用到的话可以用复印件代替，但必须加盖公章注明原件存于哪里。

根据你所表述的情况，我想你首先要明白：一个项目工程由若干个单位工程（可以是一个）构成，同样一个单位工程也可以由若干个子单位工程组成。根据《建筑工程施工质量验收统一标准》GB50300要求，（子）单位工程必须独立验收，也就是说工程施工过程中的资料也必须独立分开。如果整个项目工程是同时施工，前期资料和一些质检报告可以并为一起归档。竣工验收报告（包括其他四方责任主体）也必须按照单位工程资料归档程序进行归档。（详见《建设工程文件归档整理规范》GB/T5038）。
具体相关要求还是要详细咨询当地城建档案馆（室）要求，切不要自作聪明，否则最后会很麻烦哦！

首先问一下甲方档案室有和要求，如果没特殊要求，我想按正常程序组卷是没用问题的。

按照正常档案局不刁难的话应该没问题
你可以问问你们的监理

如果是自己单位保存的话，应该没问题。如果要是交档案馆的话，最好是先咨询一下档案馆的意见，档案馆要求的比较严格一点。