快乐影音转换器和格式工厂都能在视频转换的同时把外挂字幕转成内嵌字幕，srt字幕文件应该没问题，我经常转的，从没出现过乱码现象，如果出现乱码，很有可能你的srt文件是用港台地区所用的大五码汉字编码的，如果是这样的话，你只好另外找一个字幕文件了，到射手网上找找吧。
用格式工厂或魔影工厂去合并
