两地海关都有检查的可能,南京海关查的可能性更大些。首先是进境地上海海关,因为不是本地的邮件,所以需要上海海关做转关的手续。一般来说,这时上海不做查验。到南京后,南京海关做查验放行(当然查验率也不是100%)。如果你的邮递物品需缴关税,你需要到海关申报缴税后才能拿到邮包。
快件非正式清关一般在第一进境地,即上海做非正式清关后,然后派送到您手里。所以若要查验只在上海查,在南京只是国内派送了。
都有可能查;快件从日本到达上海属于入关了,要申报就有可能查,从上海转动南京的办理清关也会查。