票据交换系统主要用于汇票、支票等票据的交换及清算，只有加入票据交换系统的银行才能为客户开立当座账户（类似于与国内企业的基本存款账户，该账户具有签发银行支票的功能，且不计付存款利息）。
支票（或者同城系统内可以进行交换的票据，如本票、系统内汇票等）的处理方式有两种，一种是在付款行进行处理，具体方式就是将支票的款项下帐后，将收款人的收款凭证通过人民银行的票据交换系统经过资金清算之后有专门的人员送到相应的银行去；另外一种方法是将进帐单留下，把支票通过票据交换到付款银行，但收款时间要推迟一场退票的时间。
随着人民银行小额支付系统的推广以及运用，票据交换有可能会逐渐取消。
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