在电泳的时候加上DNA的分子量marker,一般16S的大小都是1.5 kb吧(很久不做了,记不太清楚)。如果有明显的目的条带而且大小也合适的话那就一般不会错,如果想要确定,可以将条带从胶中切下来,回收之后送去测序,就可以知道序列的详细信息了。
另外你的目的如果只是判断DNA的提取是否成功的话,那么在提取DNA之后直接跑电泳就可以了,没有必要做PCR扩增16S。一般细菌基因组都在15~16k大小左右。
判断DNA提取成功不是通过PCR扩增之后的电泳结果来判断,而是在提取DNA之后立刻进行电泳来检测在23kb处是否有一条亮而无拖尾的条带。您所说的检测16SrRNA是否被成功扩增,应该将PCR产物上凝胶电泳,看1.6kb处是否有条带就行。
细菌DNA提取后,电泳80V,20min,点样孔附件有边缘锋利的条带,不弥散,基本可以认为提取DNA较好。有大分子量得Marker更好,不过一般不需要。
PCR产物当然需要与Marker比对以确定大小,大小正确,剩余产物送测序。