A、图1中DNA片段含有2个限制酶SmaⅠ切割位点，若用限制酶SmaⅠ完全切割图1中DNA片段，能产生2个平滑末端，故A正确；
B、限制酶MspⅠ的识别序列是C↓CGG，图中DNA片段含有两个这样的识别序列，可被限制酶MspⅠ切割形成三种长度的DNA片段，即536bp、792bp、660bp，则获得的最长的DNA片段长度为792bp，故B错误；
C、目的基因两侧是GGATCC序列，该序列是限制酶BamHⅠ的识别序列，因此要将质粒和目的基因D连接形成重组质粒，应选用限制酶BamHⅠ切割，故C正确；
D、用限制酶BamHⅠ切割破坏了抗生素A抗性基因，但没有破环抗生素B抗性基因，因此含有重组质粒的大肠杆菌能抗抗生素B，但不能抗抗生素A，为了筛选出含重组质粒的大肠杆菌，培养基上需分别添加抗生素B和抗生素A，故D正确．
故选：B．
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