我想请问你下，我们公司开给客户的增值税发票，在快递公司运送的时候他们不知道是怎么回事他们那边没有收

首先 纳税人发生丢失、被盗发票事件的，应立即向主管税务机关报告，办理相应的挂失手续。
资料 1、《发票挂失声明申请审批表》（一式三份）；
2、提供公安部门受理报案的有关材料；
3、刊登遗失声明的版面原件及复印件（一份）。
然后 可将你公司发票记账联 传真给对方 还有你的主管税务机关的相关证明
他就可以凭这些去认证抵扣了

你把你的发票底联复印一下。发传真或者图片信息，分辨率高的。
让对方用复印件认证。
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另
可以开红字发票冲回，重新开新的发票。

不过好麻烦啊。

把发票存根联也就是财务入账那一联连同对方单位的证明，证明你们双方确实存在这笔货物的销售业务，办理增值税发票冲红的手续，然后把这张票冲红，再重开一张增值税发票给对方。具体细则各地税务有些小差别，你到国税去咨询一下。

对丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联的处理：
丢失前未认证的（属于你的客户情况的话），购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵抗凭证