分析如下：
1、稽查到漏税和发票虚开：如果稽查下达的文书明文说明是“漏税和发票虚开”，此种情况下查补税款据税法规定不能作为预缴税款；申报表中只能反映在查补销售和查补应缴税款处；
财务处理可以通过设立“增值税检查调整”项目单独核算，如果是跨年业务，罚款通过“其他应交款”反映上缴，“以前年度损益调整”调整“未分配利润”；
2、如果税务稽查，稽查下达的文书没有明文说明属“漏税和发票虚开”行为，情况属督促企业及时确认收入和应纳税，相关“罚款和补税”全部作为“预缴税款”的情况，表明税局想让贵司及时调整前期非法业务，贵司要及时改正“前期漏税未开具发票补开发票，虚开的发票及时冲红等 行为”。据此，因稽查作为“预缴税款”的款项缴纳后在“国税系统”中反映为“预缴”，则可以抵扣后期应缴税金，申报表按正常业务申报；如果国税系统不是反映为预缴，则有相应麻烦，可以沟通解决。
帐务处理：
A、当期补做漏税收入，冲红虚开发票业务；
B、当期补缴款项：借：应交税金--应交增值税-已交税金 贷：银行存款
C、当期申报后，增值税明细项目自然冲抵。国税系统扣款时自然冲抵“预缴”。
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