海关进口增值税专用缴款书该如何认证抵扣，且在做增值税申报时如何填列？

　　海关进口增值税专用缴款书，认证抵扣如下：　　
　　海关进口增值税专用缴款书，需要在海关完税凭证抵扣清单采集软件中认证；
　　软件安装后，认证时，在电子报税里录入导出后，上传即可；
　　海关进口增值税认证抵扣采集系统可从二个地方下载；
　　1、国家税务总局网站——下载服务中心——软件下载——海关完税凭证抵扣清单采集软件下载；
　　2、网上申报——登陆——软件下载——海关完税凭证抵扣清单采集软件下载。
　　3、一般贸易进行的货物在进口环节海关已代征缴纳的增值税可以申报抵扣。
　　4、海关进口增值税的申报抵扣，签订合同后应向主管税务机关备案，取得海关完税凭证后即可申报抵扣，但最迟不得超过180天。
　　2、海关进口增值税专用缴款书，申报时填写如下：
　　在填写申报表时，在表二有一栏专门的是海关的，还有单独一张表是海关的，填写好了即可。

自发票开具180天内申请认证抵扣。每个地区的申报方式不一样，有的是需要先备案认证，之后才可以申报，有的是直接申报，之后做备案。具体的需要问你的专管员以及申报窗口。
在填写报表的时候在表二有一栏专门的是海关的，还有单独一张表是海关的，填写好了即可。

你是外贸出口企业还是生产出口企业？
因为根据国税函【2007】1150号，外贸企业在2008年1月1日后申报出口退税的，申报出口退税的截止期限调整为货物报关出口之日（以出口货物报关单<出口退税专用>上注明的出口日期为准）起90天后第一个增值税纳税申报期截止之日。
而根据国税发【2008】47号，出口企业在申报出口货物退（免）税时，向主管退税部门提供出口收汇核销单（远期收汇除外）的期限由180天调整为自货物报关出口之日（以出口货物报关单<出口退税专用>上注明的出口日期为准）起210天内。通知从2008年6月1日文件生效日起执行。
深圳国税有12366纳税服务热线，你可以打电话去咨询，各个地方的政策差很多