三科的区别：中医基础理论是理论指导，不是具体分科的临床课，中医内科学是具体分科的临床课，可以运用于实际的内科疾病的治疗，中医诊断学是指导临床各科的基础课，先明确诊断，后有针对性地治疗。
中医基础理论是讲中医理论的基础是引导人门的学科，中医诊断学是诊断疾病的临床实用技术理论，而中医内科学只是中医多科门类中的一个重要旳组成部分。前两科是概论中医所涉及各个科别，而内科学只是其中一支。
