1999年9月，经国务院批准，杨凌10家农业科研教学单位合并组建为“西北农林科技大学”、“杨凌职业技术学院”两所高校，实现了我国教育与科研单位的首例实质性合并。经过8年的发展，杨凌的科教实力明显增强，走出了农科教相结合、产学研一体化的办学新路。在校学生由合并前的1万名增加到了3.5万名，研究生从700名增加到了5000名。西北农林科技大学先后进入国家“985工程”和“211工程”建设行列，新增17个国家和省部级实验室、研究基地，3个国家重点学科。一级学科博士学位授权点由3个增加到了11个，二级学科博士学位授权点由15个增加到了71个，硕士点由39个增加到了105个。2005年西北农林科技大学通过了教育部本科教学优等评估，2006年又顺利通过了研究生院的正式评估，教学质量迅速提高。杨凌职业技术学院也被确定为首批国家示范性高等职业院校建设单位之一，进入了国家重点高职院校建设行列。
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