机电工程主要是电器设备一类的，水利水电工程主要是土建一类的。好像都差不多，目前机电挂靠要证的多点，费用也稍微高点。
主要是专业上的区别，机电工程是电器设备类，水利水电工程是水电类的。考机电，费用稍高
首先你要看看你的工作，如果你仅是为了挂靠，那就报机电专业，呵呵
