你公司委托C公司，和B公司没关系，发票开给你公司，如果说你公司的主营业务是销售设备，而且一般安装调试都是由你公司来负责的话，这1000元入主营业务成本比较合适。
因为是你公司向B公司收取的安装调试费，所以C公司应将发票开给你公司，计入营业费用，如果开给B公司，你公司应少开发票1000元。
