首先进行基因分类，比如说编码性基因占多大比例，非编码性基因又占多少比例；转录因子占多少比例，蛋白激酶类基因又占多少比例等等。
然后将该物种基因组与其它已测序基因组进行比较，包括大小、同源度等等。
你可以下载一篇报道某种物种已完成测序的文献，看文献中怎么分析。这种文献应该有很多。
一般拿到序列以后会先做基因预测，有很多软件可以做。如果已经有官方的基因数据（Official Gene Set），可以与其他物种比较，进行同源分析。
你可以参考这个国外的同源基因数据库：http://cegg.unige.ch/orthodb4
这个数据库提供了百来个物种的同源基因分类。你可以直接输入你感兴趣的基因名称，或者基因序列，然后查找在其他物种里的同源基因。而且这个数据库还提供了基因功能方面的信息和结构上的信息，有助于进行进化分析。
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