拆迁协议上的签字不是本人所签，但是手印是本人所按，在法律上此协议是否生效

先不管时效问题，单纯回答你的协议效力问题。
1、如果有证据证明（如2个以上无利害关系的人）手印是别人胁迫摁的，该协议无效；
2、如果该房屋是兄弟二人共有，应由二人共同签字摁印，如果没有另外一人的书面授权，其中一人摁印无效。
以上二种情况中的任一种都导致协议无效。
请参考

根据你的陈述，你们的协议违背了你的真实意思表示，因此属于无效协议。
根据无效协议实施的行为如果侵犯了你的合法权益，对你当然可以起诉，至于是否胜诉，要看你有没有证据支持你上述陈述的内容了。
95年到现在都十多年了，才去起诉，理论上已经超过了诉讼时效。如果你可以证明你一直在主张权利，那么诉讼时效中断，你仍然有胜诉的机会。

房屋灭失，时效已过。只能上访，困难重重。

肯定生效，按法律的角度来讲，无论是签字或手印，只要有一项是真实的，则表示合同成立，当然存在以下情况时，则协议无效：
1) 一方以欺诈、胁迫的手段订立的损害国家利益的合同；一方以欺诈、胁迫手段订立的合同，属于意思表示不真实的合同，一半属于可变更或撤销的合同，但是如果还损害了国家利益，则属于无效合同。
2) 恶意串通，损害国家、集体或第三人利益的合同；
3) 合法形式掩盖非法目的的合同；
4) 损害社会公共利益的合同；
5) 违反法律和行政法规的强制性规定的合同；
6) 合同中的下列免责条款无效：一是造成对方人身伤害的，二是故意或重大过失造成对方财产损失的。
7) 提供格式条款一方免除责任、加重对方责任、排除对方主要权利的条款无效。
自己对照一下把，如确实不想让该协议有效，有时参照以上各条想想办法还是可以解决的。