结婚有了孩子但没结婚证，现在又分居一年了。我要协议离婚可她说不用了也不回来。我该怎么办？

结婚有了孩子但没结婚证，那就意味着根本没经过婚姻登记，充其量属于同居，不被法律承认，也不受法律保护。
没履行过婚姻登记手续，也就不存在协议离婚一说，你更无法就此向人民法院提起诉讼。既然她也不回来，实在无法再凑付下去了，唯一能做的就是按照《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国婚姻法〉若干问题的解释》（二）第一条“当事人起诉请求解除同居关系的，人民法院不予受理。但当事人请求解除的同居关系，属于婚姻法第三条、第三十二条、第四十六条规定的"有配偶者与他人同居"的，人民法院应当受理并依法予以解除。
当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理”的规定，向人民法院提起诉讼，请求判令孩子由你或她抚养，她或你支付孩子的抚养费。

你们没有领取结婚证，不存在合法婚姻，只是非法同居。不受法律保护，其中任何一方都可以自由离去，用不着办什么离婚手续。一定要办，可以到法院起诉，请求解除同居关系。
但是，孩子具有婚生子女的所有权利。她必须承担孩子的抚养义务，支付抚养费。如果她不执行，可以到法院起诉，强制执行。

因为没有领结婚证，所以你们的婚姻是不合法的，但是对孩子，你们双方都具有抚养的义务。如果她不回来，至少每月要给孩子抚养费。

没办，
现在没有事实婚姻。你们不是夫妻，当然不用办离婚手续了。

你们都没领证何来离婚啊?