您可以拨打12366纳税服务热线咨询，这个可以给你比较权威的回答。或者到办税大厅要求重开。有的税务人员业务不熟，工作责任心不强，他们开具的发票都不填付款方的纳税识别号也是有可能的。
代开发票可以不著名付款方的纳税识别号，如果付款方有要求也可以注明，有或者没有都正常。
工程类的发票只要开单位名称，具体的识别号账号不开也没关系的，按照正常的做账也是可以的
