A、基因的自发突变率虽然很低，但能产生新基因，为生物进化提供原材料，A正确；B、不同基因型的个体对环境的适应性可相同（如AA或Aa），也可不同（如AA和aa），B正确；C、进化的基本单位是种群，C错误；D、环境发生变化时，种群的基因频率可能改变，也可能不变，D正确．故选：C．
