离婚时有两个孩子的抚养权判决根据双方的实际情况和孩子的状况而定。抚养权的归属是以更有利于孩子成长为原则的，如果一方有不利于孩子成长的情形，则不利于争取抚养权。双方可以先协商处理，协商不成的由法院进行判决。对于不满两周岁的孩子，一般由女方直接抚养。而男方需要定期支付相应的抚养费，有条件的还可以一次性支付。
法条
《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条 父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
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