19世纪以来,分类学家对马铃薯及其近缘种进行了多次的归类和分类。各国分类学家对原产地的马铃薯分类在方法和类型上有不同见解。科学家们在植物形态学、生物统计学、杂交亲和性、细胞学等不同领域进行了大量的研究,对马铃薯的分类有几种不同的处理系统,如布卡索夫(1972)将马铃薯分为32个系,含196个种;Correll(1962)分为26个系,含159个种;Hawkes(1982)分为18个系含164个种。1989年Hawkes进一步将马铃薯组分为无匍枝亚组和马铃薯亚组共为21个系、共235个种,其中马铃薯亚组中有19个系、226个种(Hwakes,1990)。目前各国马铃薯遗传育种学家在应用上多参照Hawkes的分类。但新的马铃薯野生种仍在不断地被发现,分类和种的数量还将有变化。蛋白质电泳、同工酶、叶绿体DNA和核DNA的分子标记如RFLP、RAPD、AFLP、SSR、ISSR和指纹图谱等用于鉴定和区分种、研究种间(内)关系、种的进化、基因组间关系,与形态学分类相呼应,纠正基于形态学上的分类系统和进化研究的某些结果,进行准确的分类、特异性状的鉴定、遗传多样性和基因图谱构建的研究。