主要包括下述几种。 长期过量施用化肥或施用不当可造成明显的环境污染或潜在性污染。除由于长期单一施用化肥，有机质得不到及时补充而造成的土质恶化和土壤生产力减退外,化肥中的氮、磷元素还会造成水体富营养化,使藻类等水生生物大量孳生，导致缺氧和嫌气分解，使鱼类失去生存条件。由此造成食物、饲料及饮水中的硝酸盐积累，也为害人畜健康。同时，氮肥的分解不仅污染大气，所产生的氮氧化物上升至平流层时，还会对臭氧层起破坏作用。此外，含氮量高的农业废物如畜禽粪尿、农田果园残留物和农产品加工废、弃物等，也会造成水体富营养化，为害鱼类和多种水生生物。
盲目性的农事活动 如对森林、草原以及水、土等农业自然资源不合理的开发利用等，也是恶化农业环境、破坏农业生态平衡的重要原因。
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