零余额账户与银行存款科目的相同点：它们都是在银行开设的用于进行货币交易的账户。
零余额账户与银行存款科目的不同点：
1、开设账户的主体不同：零余额账户的开设主体是财政部门，银行存款科目的开设主题是企业和个人。
2、作用不同：零余额账户的性质决定了其在国库单一账户体系和财政支付管理中具有重要作用，是实现财政集中支付的桥梁。而银行存款科目是企业通过银行同其他单位进行结算，办理资金的收付的手段。
3、种类不同：银行存款账户分为基本存款账户、一般存款账户、临时存款账户和专用存款账户，而零余额账户分为财政部门零余额账户，预算单位零余额账户，预算单位零余额账户。
补充说明：零余额账户是指财政部门为本部门和预算单位在商业银行开设的账户，用于财政直接支付和财政授权支付及清算。
银行存款是指企业存放在银行和其他金融机构的货币资金。按照国家现金管理和结算制度的规定，每个企业都要在银行开立账户，称为结算户存款，用来办理存款、取款和转账结算。
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