看你自己的兴趣了。MATLAB就是软件处理了。基本上如果选择MATLAB到一定高度之后就是向算法方向发展。FPGA是硬件编程技术。一般面向的是某一特定的工程应用。一定高度之后可能会向如何将FPGA本身的深层原理更好的应用到工程技术当中。
看你喜欢硬件设计还是非硬件了。。。
