名侦探柯南中，谁是黑衣组织的老大？（我会很感激你们的，谢谢）

还没出呢，两大猜测是阿笠博士和琴酒
阿笠博士的真面目

黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。

其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。

青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授--福尔摩斯里的罪恶的教授

其实大家都不知道，那些都是网上的传言而已，真正的只有作者本人知道！相信青山能给大家一个出人意料的答案。
传的是有：阿笠博士（网上有详细的说明），黑羽盗一（他没有死，而且“黑羽”黑色的羽毛与黑衣组织有相同的概念）……

我是柯南迷，对于您提出的这个问题，我做出以下解答：
目前，名侦探柯南还在发行中，并没有完结，所以关于黑暗组织的老大，还不明确。
网上流传的琴酒，阿笠博士神马的，也是大家猜想的，并非事实，如果您想知道，那就要等青山老师给出更多的提示了。

http://zhidao.baidu.com/question/192988868.html 给你个网页自己去看啦，很详细的哦！

据我估计是阿笠博士的那个小时候的初恋情人，因为在那集最后，那个男的管那个女的叫boss