首先需要去社保局和银行将欠缴的费用补齐，否则滞纳金会一直累计。待恢复正常缴费即可做社保减员。员工离职后要在下月及时做社保减员，并为离职员工办理社保报停手续，给员工提供解除劳动合同证明书。
并在一定范围内对社会保险基金实行统筹调剂至劳动者遭遇劳动风险时给予必要的帮助，社会保险对劳动者提供的是基本生活保障，只要劳动者符合享受社会保险的条件。
各地的社保缴费基数与当地的平均工资数据相挂钩。按照职工上一年度1月至12月的所有工资性收入所得的月平均额来确定的。每年确定一次，且确定以后，社保基数申报和调整的时间，一般是在7月。
企业一般以企业职工的工资总额作为缴费基数，职工个人一半则以本人上一年度的月平均工资为个人缴纳社会保险费的工资基数。在我国，缴费基数由社会保险经办机构根据用人单位的申报，依法对其进行核定。
参考资料来源：百度百科-社会保险
这种情况一般社保是允许的，就给这个要减员的员工缴费吧。
一般社保局是要求补交完全部欠款才能正常办理增减员
可以去社保局问一下，单位如果经营困难申请减免缓交费用，然后提供离职职工的解除劳动合同证明，申请先给这个职工补清费用，让社保局柜台直接减员
另外就是让职工去社保局稽核部门投诉单位欠费，造成不能减员，这样社保局就会对单位催缴，补清职工的。但是，可能会被罚款
具体操作还是要咨询参保的社保局，各地规定有差异
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