长江流域横跨我国华东、华中、西南三大经济区，地理位置优越，水资源得天独厚，是我国最重要的经济区域之一。
新中国成立后，党和政府高度重视长江治理开发工作，组建了流域机构，开展了流域综合利用规划，初步建立了长江防洪、灌溉、水力发电、航运、水土保持和水资源保护体系，在保护流域人民生命财产安全，保障流域经济社会发展中作出了巨大贡献。
但是，随着经济社会的发展和流域情况的变化，长江治理开发的新情况、新问题、新任务层出不穷，必须认真分析研究，及时加以解决，把长江治理开发的伟大事业不断推向前进，让长江在实现中华民族伟大复兴的历史进程中发挥更大的作用。
(一)、加强防洪保安体系建设，仍是长江治理开发的首要任务
一是抓紧完成长江近期防洪工程建设任务。
在按规划完成长江中下游干流堤防建设任务之后，继续加强洞庭湖、鄱阳湖区及支流堤防的达标建设和长江中下游河道整治。对荆江四口洪道、洞庭湖区及其四水尾闾、鄱阳湖区及其五河尾闾进行必要的清淤疏浚，清除洪障，保持行洪畅通。
研究有针对性的措施，挖掘潜力，充分发挥丹江口、五强溪等已建大型水库的防洪作用。三峡工程防洪库容及其调度运行对长江中下游防洪意义重大，要按照水利部审定的《三峡水利枢纽防洪调度方案编制工作大纲》，积极开展水库防洪库容的复核及三峡工程不同运行阶段防洪调度方案的编制工作。
根据远近结合、突出重点的原则和移民建镇的思路，分步安排分蓄洪区建设，实现计划分洪，尽可能减少分洪损失，近期重点实施城陵矶附近100亿m3的分蓄洪区建设。
二是进一步加强长江防洪工程体系建设。要进一步提高防洪标准，减少分蓄洪区的使用机率和范围，必须兴建防洪作用较大的干支流水库。为了使长江防洪体系能主动适应三峡工程建成后情况的变化，要加紧长江中游防洪物理模型及数学模型、三峡工程建成后对长江中下游防洪形势及生态环境的影响研究等工作，并在此基础上提出相应的对策措施，
三是要高度重视非工程防洪措施的建设和运用。长江洪水的自然特性表明，即使防洪工程系统进一步完善后，要完全消除洪水灾害也是不可能的。
必须大力加强非工程措施的建设，人为的活动要从无序、无节制地与洪水争地，转变为有序、可持续地与洪水协调共处，特别是对土地的开发利用必须适度，以便在长江发生不同量级洪水时，提供足够的蓄泄场所，避免发生影响全局的毁灭性灾害。要加快长江防汛指挥系统的建设，积极开展长江防御超标准洪水预案的研究和修订，加强洪水保险等有关政策法规的研究及实施。
要强化流域机构的防洪管理职能，加强防洪风险的研究及风险管理，依法加强河道、湖泊和分蓄洪区的管理，严禁对河道湖泊洲滩进行新的围垦和侵占。
(二)、加快开发利用水资源，是新世纪长江治理开发的重大战略举措
1.抓紧实施南水北调工程，尽快实现我国水资源配置“四横三纵”的总体格局
2.加快长江流域水能资源开发步伐，为国民经济提供优质能源
(三)、加强上游水土保持，加快中下游河道整治和泥沙防治，是长江治理开发刻不容缓的重大课题
1.进一步加强上游地区水土保持，遏制人为水土流失
2.加强泥沙的原型观测，充分发挥上游水库的拦沙作用
3.加强中下游河床演变的观测与分析，加快实施关键性河势控制工程，保持中下游河势的稳定
4.深入研究复杂多变的江湖关系，科学调控水沙
5.加大长江口综合治理与开发利用的力度，促进长江三角洲经济社会的发展
(四)、强化水资源保护，是实现长江流域可持续发展的基本要求
一是坚持“节流优先、治污为本”的城市水资源战略。城市工业用水的70%以上将转化为污水，“节流优先”是降低供水投资、减少污染排放、提高资源利用效率的最合理选择，也是世界发达国家城市用水的发展方向。据预测，2010年供水设施的单位投资约为8元/m3，污水处理约为10元/m3，而节水仅需3元/m3左右，通过节水减少污水排放是最为经济的手段。“治污为本”是保护供水水质、改善水环境的必然要求。
长江流域城市污水和工业废水处理率不高，据预测，要在2010年以前基本遏制城市水污染的发展趋势，保护城市水源，并在2030年以前使水环境有明显改善，2010年和2030年城市污水的有效处理率必须分别达到50%和80%以上。
二是坚持以源头控制为主的污染综合防治战略。由于工业结构的不合理和传统的发展模式，工业废水造成的水污染负荷占水污染总负荷的50%以上，绝大多数有毒有害物质都是由工业废水的排放带入水体的，要把控制工业污染做为源头治理的重点，大力推行清洁生产，淘汰耗能大、用水量大、技术落后的产品和工艺，在工业生产过程中提高资源利用率，削减污染排放量。
与此同时，要结合生态农业、节水农业的建设，通过合理使用化肥、农药以及充分利用农村各种废弃物和畜禽养殖业的废水，将面源污染减少到最少。特别要加强对饮用水源地的保护，保障饮用水安全。
三是坚持多种手段并用。大力推进水资源保护法制建设。建议抓住《水法》修定的有利时机，增设“水资源保护”专章，建立具体的水资源保护制度，同时强化违法的法律责任，增加流域管理方面的条款。
具体到长江流域，应根据三峡库区水环境的保护、南水北调供水水源地的水资源保护、长江口水生态系统的保护、西部大开发中的水资源保护和长江中下游湿地的保护与利用等实际需要，制定适合长江流域特点的流域水资源保护法规，通过法制保障流域的水资源保护工作。切实加强流域水资源保护监督管理，尽快将长江流域水功能区划和水资源保护规划纳入国民经济和社会发展计划，并采取有效措施加强规划实施的监督管理。
加大水资源保护投入，在巢湖等重点水域实施一批水资源保护工程。
采用调水、截污、清淤、非点源控制生物治理、污染源治理等综合措施，为用水安全和生态用水提供可靠保障。积极探索运用税收、财政、信贷、补贴、奖励、收费、赔偿、罚款等经济杠杆，调节流域内人类活动与水环境保护之间的关系，通过经济手段来控制污染。抓紧水资源保护基础工作，大力推广应用新技术。
对主要城市江段的水质、入河排污口、近岸水域、鱼体残毒及沉积物等进行全面系统的调研；根据长江流域的具体情况，积极开展水资源保护规划、节水防污、水体富营养化控制和流域水环境管理模型开发等关键技术的研究。
抓紧长江流域水资源保护决策支持系统的建设，推进水生生物环境诊断技术的应用，逐步研究采用自动监测、遥感监测等技术手段，为水资源保护监督管理提供有力的技术支撑。制定适当的环境技术政策，鼓励低污染和无污染生产。
（五）、坚持体制、机制、科技创新，是推进长江治理开发的根本动力
长江流域机构现行的管理体制及其运行机制，与其肩负的使命和发展社会主义市场经济的新要求还很不适应。
最突出的问题是：依据现行的《水法》《水土保持法》等水法律、法规的规定，流域机构的执法主体地位不明确?难以适应依法行政的需要；流域机构对于违法水事活动很难进行处罚和纠正，对流域内的控制性骨干工程大多没有直接管理和调度权，无法起到统一调度的作用。
流域治理缺乏稳定的投资保障和有效的筹资机制；还存在政事企职能交叉，责、权、利不清的问题，长委的汉江集团、陆水管理局等主体企业的公益性耗费长期得不到补偿，负担沉重，缺乏活力。
完成新世纪长江治理开发的艰巨任务，必须在体制改革和机制、科技创新上狠下工夫。
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